Manejar el registro de Windows es algo... en parte tedioso por lo extenso y medianamente documentado que esta lo que contiene. En mi humilde opinión, es algo a evitar siempre que sea posible en virtud de los archivos de configuración; pero en ocasiones necesitamos crear/modificar entradas que afectan al funcionamiento de otros programas ó del propio Windows desde nuestras aplicaciones, asi que hay que arremangarse y meterle mano :D

Primero un pequeño repaso de como se estructura la información a grandes rasgos. Podemos ver el registro mediante la aplicación regedit.exe. Encontramos 5 elementos principales, que así por encima vienen a ser:

• HKEY_CLASSES_ROOT (HKCR) : Contiene las realciones entre los identificadores de programa y clases que se usan por COM+, asociaciones de archivo e información de ejecución de aplicaciones.
• HKEY_USERS (HKU) : Contiene un elemento por cada usuario del sistema y en cada uno se almacenan sus preferencias y configuraciones individuales.
• HKEY_CURRENT_USER (HKCU) : Es como un enlace simbólico a la entrada en HKU correspondiente al usuario actual.
• HKEY_LOCAL_MACHINE (HKLM) : Información del sistema y del hardware.
• HKEY_CURRENT_CONFIG (HKCC) : Es como un enlace simbólico a la entrada en HKLM correspondiente a la configuración hardware actual.

La información esta estructurada en forma de arbol mediante claves y valores. Las claves son como carpetas que puede contener otras claves, y los valores son una pareja key-value donde podemos asignar un valor. Los valores pueden ser de tipo:

• REG_DWORD : Número de 4 bytes, se usa para almacenar valores boleanos.
• REG_BINARY : Almacena datos binarios.
• REG_SZ : Cadena de texto.
• REG_MULTI_SZ : Almacena arrays de strings.
• REG_EXPAND_SZ : Almacena una variable en formato de string.

Ahora vamos a meterle mano, lo primero que necesitamos es el namespace Microsoft.Win32 , y nuestras clases para trabajar serán Registry y RegistryKey. Lo primero, es llegar donde vamos a trabajar:

// Abrimos la clave del registro con la que queremos trabajar

RegistryKey rk1 = Registry.LocalMachine;

Trabajando con claves:

// Nos movemos hasta la subclave donde queremos trabajar.

// El parámetro boleano indica si la abrimos en solo lectura (false)

// ó en lectura/escritura (true).

rk1 = rk1.OpenSubKey(@"SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon",true);

// Si devuelve null es que la clave no existe

if (rk1 == null)

    Console.WriteLine("No existe esa clave");

// Crear una nueva clave

// El método devuelve un RegistryKey apuntando

// a la nueva entrada.

RegistryKey rk2 = rk1.CreateSubKey("Prueba");

// Obtener todas las subclaves contenidas en esta:

String[] subKeys = rk1.GetSubKeyNames();

// Borrar una clave vacia:

rk.DeleteSubKey("Prueba");

// Borrar una clave recursivamente:

rk.DeleteSubKeyTree("Prueba");

Trabajando con key-values:

// Crea un key-value indicando su nombre, valor y tipo:

rk2.SetValue("ValorPrueba", 0,RegistryValueKind.String);

// Obtener todos los nombres de key-values que hay en una clave:

String[] values = rk2.GetValueNames();

// Obtener el valor de un key-value:

Console.WriteLine(rk2.GetValueKind("ValorPrueba").ToString());

// Obtener el tipo de dato de registro 

// que contiene un key-value:

RegistryValueKind rvk = rk2.GetValueKind("ValorPrueba");

// Borrar un key-value:

// El parámetro boleano indica que salte una excepción

// si el key-value a borrar no existe.

rk2.DeleteValue("ValorPrueba", true);

Aunque los Setup Project que creamos con Visual Studio tiene capacidad para añadir claves y key-values al registro, su funcionalidad esta muy limitada, por ejemplo... no podriamos crear un key-value que contuviese el path de la aplicación que estemos instalando a no ser que lo pusieramos harcodeado.